Pertama, bahan bangunan keraton yang terbuat dari bahan-bahan organik sehingga mengalami proses pelapukan dan tidak bisa bertahan hingga ratusan tahun layaknya candi yang terbuat dari batu alam yang masih bisa kita jumpai hingga saat ini.
Baca Juga: Sederet Mitos Tentang Gunung Semeru
Kedua, bangunan keraton hilang karena adanya bencana alam. Pendapat ini menyebutkan bahwa bangunan keraton bisa jadi terkubur oleh abu letusan gunung berapi mengingat di kawasan Jawa Timur terdapat banyak gunung aktif.
Selain itu ada juga yang berpendapat bahwa keraton Majapahit hilang karena terkubur lumpur yang berasal dari sungai tempat lahar gunung berapi melintas. Pendapat ini cukup masuk akal mengingat letak keraton Majapahit yang diperkirakan berlokasi dekat dengan Sungai Brantas.
Ketiga, adanya konflik internal dan serangan dari kerajaan lain. Dalam Babad Tanah Jawa disebutkan bahwa sekitar tahun 1400-an Demak Bintoro yang kala itu dipimpin oleh Raden Patah, Putra Prabu Brawijaya V menyerang Majapahit dan menghancurkan ibukota kerajaannya, termasuk keraton.
