Masjid Raya Sultan Riau Penyengat berwarna kuning, dan terdapat 13 kubah berbentuk seperti bawang, jumlah keseluruhan menara dan kubah sebanyak 17 buah yang melambangkan jumlah rakaat sholat fardhu lima waktu sehari semalam.
Masjid Raya Sultan Riau Penyengat masih berdiri kokoh hingga saat ini, jika anda mengunjungi Pulau Penyengat, tak jauh dari dermaga, anda akan melihat jelas megahnya Masjid Raya Sultan Riau Penyengat.
Dalam Masjid Raya Sultan Riau Penyengat, anda akan melihat Al-Qur’an dengan tulisan tangan yang terpajang di tengah masjid. Di bagian kiri dan kanan halaman depan Masjid terdapat rumah sotoh yang dahulunya digunakan sebagai tempat belajar ilmu agama. Di luar Masjid terdapat balai atau pendopo untuk pengunjung beristirahat.
Menurut Sejarahwan Kepulauan Riau, Aswandi Syahri, Masjid Raya Sultan Riau Penyengat adalah Masjid tertua di Kepri yang sudah dibangun sejak 1832 oleh Raja Abdurrahman. Namun sebelumnya, pada 1803 ketika Pulau Penyengat dibuka untuk Engku Puteri Raja Hamidah sudah ada bangunan Masjid yang terbuat dari kayu.