Adapun tinggi kubah Masjid Agung Natuna adalah 17 meter sesuai dengan jumlah rakaat shalat wajib dalam sehari.
Pada bagian dalam memiliki aura pemandangan yang cukup kontras. Bagian tengah ruang diterangi oleh cahaya alami yang bersumber dari kubah Masjid Agung Natuna.
Sedangkan pada bagian tepi yang tertutup oleh keberadaan lantai dua Masjid Agung Natuna memberi kesan berbeda karena pencahayaan yang lebih temaram.
Perbedaan nuansa pencahayaan ini memberi kesan perjalanan ibadah yang menuju satu titik terang kebesaran Sang Pencipta di Masjid Agung Natuna. ***

